第一处为军事情报处，简称军事处，主管搜集军事情报和扩大军统的武装力量。下设军事情报科、军运科、策反科，以及主管派在各部队担任谍报参谋工作的谍参科。
第二处是党政情报处，也称政治处，主管政治斗争，负责镇压人民革～命运动，下设中共科。
党政科，负责搜集各民主党派的情报，并派人监视各党派人员的活动。
国际科，负责对外侨和回国华侨的调查、监视与接待工作，以及搜集日本人和汉奸的有关情报等。
除此之外，还有侦防科、航检科等。
第三处是行动处，下设行动、警稽等科。主要任务是根据一、二处提供的情报，执行暗杀、密捕等任务。
第四处，电讯处，主管军统电讯工作。设有技术研究室，专门研究有关特务技术。
第五处，司法处，下设审讯科、狱管科。
第六处，人事处，下设人事行政科、考铨科、福利科、卡片室。主管人事、组织工作。
第七处，经理处，下设综计、审计、预算、财务等科及现金出纳股。负责向军需处领钱。
第八处，总务处，下设庶务、管理、交通三科，并领导汽车大队、电话队、农场、官兵消费合作社。
另有训练处，主管军统几十个训练班的训练工作，并主编军统局出版的《家风》月刊，并且领导各大专学校内的职业特务学生，和一个从华北撤退到四川的在大专学校中作特务活动的“抗日锄奸团”。
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